在加强理藩院职能并向边棍地区派驻将军、都统、大臣等的同时，
蒙古包的工作人员知道清政府根据各地区、各民族地方的具体情况，根据具体的情况来建立了多元化的地方行政社会体制。在蒙古地区统一蒙古各部的过程当中，逐渐消统治者根据蒙古游牧社会的基本特点，并在谈古人原有的9托克和爱玛克制度的荃础上，参照了满洲的八旗制度，蒙古包的工作人员知道建立了盟旗制度。盟旗制度最早建立于淇南蒙古地区。
后来逐渐推广到澳北和漠西各部。蒙古包的工作人员知道自天聪年间起。清朝在已经归附了的漠南蒙古之中开始编佐设旗，崇德初大规模设置旗分，至康熙初己增到49旗。喀尔喀设旗从顺治年间开始，康熙年间编为32旗.至乾降朝埔到86旗。雍还有乾的那个时期，青海蒙古和澳西卫拉特逐次被征服后.也设丑旗分，青海设28旗，漠西设34旗。再加上顺济纳旧土尔忘特旗，阿拉善的和硕特旗，知道乾隆中叶札萨克旗数已经达到了199个，旗就是清朝国家行政体制当中蒙古社会的一个基本管理的行政建置。
每旗设有固定的札萨克一人，蒙古包的工作人员知道已经整明白旗长，由清廷任命而且职位世袭。札萨克管辖旗内的属民和土地，扰职责是按照清廷所授予的权限，负贵处理旗内行政、司法、赋税、摇役、牧场以及旗内官吏的任免等事务。旗也是墓本军事单位。旗内所有的男丁，除喇嘛与庙丁、随岁以上60岁以下一律编入丁册，都有固定年龄服兵役的基本义务。札萨克为全旗的最高军事长官，梅遇出征等事，旗内箭r均归札萨克统辖。札萨克下设协理台吉、管旗章京、梅伦章京、参领等官员。旗「基层组织为佐，梅150人编为一佐。每佐设佐领一人.管理全佐一切事务，诸如审理丁册、编制兵员、征收从税、排解纠纷、传递信件等等。
清朝将札萨克旗大体上分为内札萨克还有外札萨克。蒙古包的工作人员知道淇南篆古各旗称内札萨克。漠北喀尔喀、漠西卫拉特、青海，以及阿拉善、额济纳诸旗为外札萨克。内外札萨克统称外落浪古。蒙古人很早以来就有会盟的传统。